MS法人は使えるのか?
── 仕組み・医療法人との比較・税務リスク

節税策の正しい順序は「①個人開業 → ②医療法人化 → ③MS法人設立」

MS法人は医療法人の代わりではなく、医療法人と組み合わせて使う仕組みです。実務上、利益移転が否認されるのは「個人 対 MS法人」のケースが多く、「医療法人 対 MS法人」の法人間取引の方が、委託料の設定にも相対的に余裕があります(ただし不相当な部分は寄附金課税のリスク)。また、MS法人を先に作ると医療法人の設立認可で苦労することがあるため、順序の設計が重要です。

役員の兼務規制に注意

平成24年3月30日の厚生労働省通知により、個人開設の院長・医療法人の役員は、MS法人の役員を兼務しないことが原則です(賃料が適正な建物賃貸借がある場合や取引額が少額な場合などの例外あり)。実務では、配偶者やご家族がMS法人の代表となる設計が基本形になります。

第3の選択肢:一般社団法人

一般社団法人には業務制限がないため、クリニックの開設とMS法人的な業務を1つの法人で行うことも可能です。医療法人が受ける規制(設立認可・毎年の報告義務・理事長の医師要件・関係事業者取引の報告)を受けない一方、非営利性の審査や同族役員比率による相続税の論点(特定一般社団法人等)など、固有の設計ポイントがあります。詳しくは一般社団法人・医療法人・個人開業の比較ページもご覧ください。

• 事務負担とコストの増加:法人がもう一つ増える分、経理・申告・社会保険(MS法人は加入義務)のコストが増えます。メリットが上回る場合にだけ設立すべき仕組みです。
• 医療法人との取引は都道府県への報告対象:医療法人がMS法人と一定規模の取引(例:事業費用の10%以上かつ1,000万円以上 等)を行うと、毎年度「関係事業者との取引の状況に関する報告書」の提出が必要になり、取引は行政からも見える状態になります。
• 事業税・消費税:社会保険診療の所得は事業税が非課税ですが、MS法人に移った所得には法人事業税が課税されます。また課税売上高が1,000万円を超えれば消費税の納税義務も生じます。節税効果はこれらを差し引いた正味で判断します。
• 最大のリスクは「行為計算の否認」:取引に合理性・妥当性がなければ、同族会社の行為計算の否認(法人税法132条等)により取引そのものを否認され、個人側は経費にならず、法人側は収入に計上される最悪の二重課税状態もあり得ます。

① 法人の実態 ──「人・物・金」をそろえる

人:専属の従業員がいて、給与が実際に支払われ、社会保険に加入し、就業規則・雇用契約書がある。物:専用の事務所・電話・備品があり、家賃・水道光熱費を自ら払い、契約書・請求書・領収証が揃っている。金:取引は契約書に基づき実際に決済され(経費計上だけの未払いはNG)、院長個人への貸付金を放置しない。── 名前だけのペーパーカンパニーは、取引すべてを否認されるリスクを抱えます。あわせて、特定の医療機関だけでなく他の医療機関や一般顧客からも仕事を受けることが、独立した事業法人としての何よりの証明になります。

② 取引価格の適正化 ── 目安を持ち、毎年見直す

当事務所が実務で用いる価格設定の目安は、リース料=取得価額×1.2〜1.3倍÷リース期間、医薬品・材料の販売=原価×1.2倍程度、保険請求事務=請求額×3%程度、業務請負=人件費×1.3〜1.5倍、清掃=1㎡あたり100〜300円、不動産賃料=近隣相場ベース、といった水準です(あくまで目安です)。重要なのは、一度決めた価格を放置せず、最低でも年1回見直すこと。過去の裁決事例では、高額な管理料・賃料・仕入価格が繰り返し否認されている一方、業務の実態と対価性を示せた納税者の主張が認められた事例もあります。勝敗を分けるのは常に「実態」と「根拠」です。

③ 説明できる申告にしておく ── 理論武装と書面

「なぜMS法人を通すのか?」への答え(医業以外を法人に任せて医業に専念するため)を、契約書・業務仕様書・報酬基準とセットで用意しておきます。当事務所では業務請負契約書・業務仕様書のひな型を整備しており、さらに税理士法33条の2の書面添付により、取引の内容と根拠を申告段階から税務署へ示す体制を取っています。