１つの医療法人が２つの以上の都道府県にまたがって医療機関を経営する場合には、都道府県を通じて厚生労働省に分院設置についての定款変更をしなければなりません。

こうした形で経営を行っている医療法人を通称広域医療法人といいます。

しかし、広域医療法人にするためには、都道府県と厚生労働省の２重チェックを受けなければならない点や、年間の取引が大きくなるので、税務調査が厳しくなるのがいやだと考えられる方もいらっしゃいます。

こうした場合には、広域医療法人にならずに、それぞれの都道府県で医療法人を設立するという方法もあります。

この場合、両方の理事長に同一の人が就任することも法律上は問題ありません。
ただそれを言うと望ましくないということで指導を受ける可能性はあると思います。